一、重组学术委员会。取消学校原来统一的学术委员会，成立哲学社会科学、自然科学学术委员会，分别制定章程，明确各自职责、组织方式、权力义务。根据章程，两个学术委员会分别由25位教授组成，党委书记和校长不再参加委员会。学术基金（包括“211工程”建设、“985”优势学科创新平台专项经费等）使用、学术评价与遴选、学术资源分配等重要事项，先由学术委员会做出决策，再由校长办公会表决通过。 

二、成立专门委员会。先后成立教务、预算、校园建设规划、文献资源建设、人才队伍建设、国际化工作、大学发展等7个专门委员会，参与学校行政事务管理。各委员会中教授占70－80%。专门委员会依据章程（大学章程的子章程），对学校相关事务开展调研论证，进行决策咨询，对涉及的部门、单位予以指导、协调和督办，促进学校科学民主决策和高效规范运行。 

三、完善教授委员会。在国内高校率先实行教授委员会制度，目前已运行4届12年。教授委员会拥有“治学科”、“治学术”、“治学风”和“治教学”4项权力。2012年，全面修订《教授委员会章程》，调整教授委员会委员聘任机制，实行任期制，任期3年，一般不超过两届，每届委员更新比例不低于1/3。